La biodiversidad de las papas nativas es patrimonio natural y cultural, adaptándose a condiciones climáticas adversas. A nivel nacional se tiene más de 3500 variedades y el departamento de Puno más de 600 variedades de papas nativas de diferentes colores, tamaños y formas, motivo que propicio. En el presente trabajo se estudiaron las propiedades térmicas de los almidones de seis variedades de papas nativas (Ruckii, Locka, Ocucuri Morado, Ccompis, Yana Imilla, Yana Lomo) oriundas de la región de Puno. Para determinar el rendimiento, composición proximal, contenido de amilosa y amilopectina, caracterización morfológica, y las propiedades térmicas se aplicó la técnica de calorimetría diferencial de barrido (DSC) y análisis de viscosidad rápida (AVR). Los almidones de las variedades de papas nativas presentaron rendimientos de 10.23 ± 0.05 a 17.60 ± 0.08%, composición proximal: humedad de 7.22 ± 0.09 a 8.85% ± 0.08, cenizas de 0.12 ± 0.07 a 0.44%, grasas de 0.01± 0.01 a 0.08 ± 0.01%, proteína de 0.49 ± 0.02 a 0.76 ± 0.03%, fibra de 0.02 ± 0.01 a 0.06 ± 0.01% y contenido de carbohidratos de 90.14 ± 0.05 a 91.93 ± 0.03%. El contenido de amilosa osciló entre 23.9 ± 0.05 a 30.5 ± 0.06%. La caracterización morfológica presentó formas circulares y elípticas. El análisis de calorimetría diferencial de barrido, la temperatura inicial oscilo de 55.00 ± 0.04 a 59.07 ± 0.06°C, temperatura pico de 58.20 ± 0.04 a 62.51 ± 0.06°C, temperatura final de 65.81 ± 0.05 a 69.50 ± 0.04°C, no obstante la entalpia de gelatinización mostró valores de 13.03 ± 0.04 a 16.53 ± 0.04 J/g. En las viscoamilogramas se obtuvo una temperatura de empaste que osciló de 59.50 ± 0.05 a 62.12 ± 0.08°C, viscosidad final de 97.67 ± 0.02 a 139.00 ± 0.02 RVU, viscosidad pico de 125.00 ± 0.02 a 178.67 ± 0.02 RVU. Mostrando diferencia significativa entre los almidones de las diferentes variedades de papas nativas.